Моделирование эволюции гена

Здесь представлено филоченетическое дерево, построенное по скобочной формуле ((А:20,В:20):80,((С:25,D:25):25,(Е:40,F:40):10):50) . Заметим, что количество мутаций (выделено желтым) указано на каждые 100 нуклеотидов.

Длина рассматриваемого гена равна 612 нуклеотидов.

Описание модельного филогенетического дерева.

Cкрипт, использованный для получения мутантных последовательностей с помощью программы msbar.

msbar ruvG.fasta 1.fasta -point 4 -count 490 -auto
msbar ruvG.fasta 4.fasta -point 4 -count 306 -auto
msbar 1.fasta a.fasta -point 4 -count 122 -auto
msbar 1.fasta b.fasta -point 4 -count 122 -auto
msbar 4.fasta 2.fasta -point 4 -count 153 -auto
msbar 4.fasta 3.fasta -point 4 -count 61 -auto
msbar 2.fasta c.fasta -point 4 -count 153 -auto
msbar 2.fasta d.fasta -point 4 -count 153 -auto
msbar 3.fasta e.fasta -point 4 -count 245 -auto
msbar 3.fasta f.fasta -point 4 -count 245 -auto

Об используемых параметрах скрипта

-point 4 -выбирает замены как необходимый тип мутаций.

-auto -говорит программе не запрашивать больше никаких параметров, кроме указанных.